Cơ quan Hải Quan ở trung ương được tổ chức gồm
13 vụ
13 vụ - cục – văn phòng thực hiện chức năng hành chính giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý NN; và 3 đơn vị sự nghiệp trực thuộc
16 vụ
16 vụ - cục – văn phòng thực hiện chức năng hành chính giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý NN; và 3 đơn vị sự nghiệp trực thuộc